真空包裝機中重要的其中一個環節就是除氧。真空包裝的主要作用是除氧，以有利于避免食品蛻變，其原理也比較簡單，因食品霉腐蛻變主要由微生物的活動形成，而大多數微生物（如霉菌和酵母菌）的生存是需求氧氣的，而真空包裝機就是運用這個原理，把包裝袋內和食品細胞內的氧氣抽掉，使微生物失去“生存的環境”。實考證明：當包裝袋內的氧氣濃度≤1％時，微生物的生長和繁衍速度就急劇降落，氧氣濃度≤0％，大多數微生物將遭到抑止而中止繁衍。（注：應用真空包裝機停止真空包裝不能抑止厭氧菌的繁衍和酶反響惹起的食品蛻變和變色，因而還需與其他輔助辦法分離，如冷藏、速凍、脫水、高溫殺菌、輻照滅菌、微波殺菌、鹽腌制等。）
  真空包裝機的真空除氧除了能抑止微生物的生長和繁衍外，另一個重要功用是避免食品氧化，因油脂類食品中含有大量不飽和脂肪酸，受氧的作用而氧化，使食品變味、蛻變。此外，氧化還使維生素A和維生素C損失，食品色素中的不穩定物質受氧的作用，使顏色變暗。所以，除氧能有效地避免食品蛻變，堅持其色、香、味及營養價值。小型真空包裝機只需能到達一定的真空度，也是同樣的效果。